献殿以西，是连接圣母殿的鱼沼飞梁。全沼为一方形水池，是晋水的第二泉源。池中立三十四根小八角形石柱，柱顶架斗拱和梁木承托著十字形桥面，就是飞梁。东西桥面长十九点六米，宽五米，高出地面一点三米，西端分别与献殿和圣母殿相连接;南北桥面长十九点五米，宽三点三米，两端下斜与地面相平。整个造型犹如展翅欲飞的大鸟，故称飞梁。飞梁始建年代和旧址都不详，根据《水经注》纪载，北魏时已有飞梁之设。现存此桥，可能是北宋时与圣母及同时建造的。一九五五年曾按原样翻修。建筑结构有宋代特点，小八角石柱，复盆式莲瓣尚有北魏遗风。这种形制奇特，造型优美的十字形桥式，虽在古籍中早有记载，古面中偶有所见，但现存实物仅此一例。它对于研究我国古代桥梁建筑很有价值。
飞梁南北桥面之东，两端各卧伏一只宋雕石狮，造型生动。桥东月台上有铁狮一对，神态勇猛，铸于北宋政和八年(1118年)，是我国较早的铁铸狮子。
在中轴线末端，是宏伟壮丽的圣母殿。圣母殿背靠悬瓮山，前临鱼沼，晋水的其他二泉——“难老”和“善利”分列左右。此殿创建于北宋天圣年间(公元1023——1032年)，崇宁元年(公元1102年)重修，是现在晋祠内最为古老的建筑。殿高约十九米，重檐歇山顶，面宽七间，进深六间，平面布置几乎成方形。殿身四周围廊，前廊进深两间，廊下宽敞。在我国古代建筑中，殿周围廊，此为现存最早的一个实例。殿周柱子略向内倾，四根角柱显著升高，使殿前檐曲线弧度很大。下翘的殿角与飞梁下折的两翼相互映衬，一起一伏，一张一弛，更显示出飞梁的巧妙和大殿的开阔。殿、桥、泉亭和鱼沼，相互陪村，浑然一体。圣母殿采用“减柱法”营造，殿内外共减十六根柱子，以廊柱和檐柱承托殿顶屋架，因此，殿前廊和殿内十分的宽敞。“减柱法”的熟练使用。
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