自动离职后可以申请劳动仲裁，具体的原因如下：
1、根据规定没有超过申请仲裁时效的可以申请劳动仲裁；
2、用人单位与劳动者发生劳动争议，当事人可以依法申请调解、仲裁、提起诉讼，也可以协商解决；
3、劳动争议发生后，当事人可以在30日内向本单位劳动争议调解委员会申请调解；
4、调解不成，当事人一方要求仲裁的，可以在劳动争议发生之日起60日内向劳动争议仲裁委员会申请仲裁；
5、当事人一方也可以直接向劳动争议仲裁委员会申请仲裁。对仲裁裁决不服的，可以在收到仲裁裁决书之日起15日内向人民法院提起诉讼；
6、员工主动离职提起仲裁是可以，因为本身提出劳动仲裁的话，就是当事人所拥有的一项权利，不管在什么情况之下，不管是哪一方存在着对错都是可以的。
法律依据：《中华人民共和国劳动争议调解仲裁法》第二十七条
劳动争议申请仲裁的时效期间为一年。仲裁时效期间从当事人知道或者应当知道其权利被侵害之日起计算。
前款规定的仲裁时效，因当事人一方向对方当事人主张权利，或者向有关部门请求权利救济，或者对方当事人同意履行义务而中断。从中断时起，仲裁时效期间重新计算。
因不可抗力或者有其他正当理由，当事人不能在本条第一款规定的仲裁时效期间申请仲裁的，仲裁时效中止。从中止时效的原因消除之日起，仲裁时效期间继续计算。
劳动关系存续期间因拖欠劳动报酬发生争议的，劳动者申请仲裁不受本条第一款规定的仲裁时效期间的限制；但是，劳动关系终止的，应当自劳动关系终止之日起一年内提出。
因篇幅问题不能全部显示，请点此查看更多更全内容