小规模公司长期零申报的后果是可能会被纳入“非正常户”，有进入黑名单风险；如果有收入且未报税，属于偷逃税款的行为，需要补缴税款和滞纳金，同时还会被罚款，严重的可能涉嫌刑事犯罪。
《中华人民共和国税收征收管理法》第三十二条 纳税人未按照规定期限缴纳税款的，扣缴义务人未按照规定期限解缴税款的，税务机关除责令限期缴纳外，从滞纳税款之日起，按日加收滞纳税款万分之五的滞纳金。 《中华人民共和国税收征收管理法》第六十八条 纳税人、扣缴义务人在规定期限内不缴或者少缴应纳或者应解缴的税款，经税务机关责令限期缴纳，逾期仍未缴纳的，税务机关除依照本法第四十条的规定采取强制执行措施追缴其不缴或者少缴的税款外，可以处不缴或者少缴的税款百分之五十以上五倍以下的罚款。
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