支付宝医保卡余额查询不出来的原因如下：
1、可能是因为医保中心还没有划账或者是投保人的社保卡尚还没有进行激活，建议携带本人身份证到当地医保局进行咨询。
2、可能社保系统网络出现问题或者处于升级阶段导致的，可以等待一段时间再重新进行查询。
3、用户在支付宝没有进行认证或者未绑定个人社保账户。
法律依据：
《中华人民共和国社会保险法》
第四条
中华人民共和国境内的用人单位和个人依法缴纳社会保险费，有权查询缴费记录、个人权益记录，要求社会保险经办机构提供社会保险咨询等相关服务。
个人依法享受社会保险待遇，有权监督本单位为其缴费情况。
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