发票专用章盖了两次可以用。
发票专用章如果是因为首次加盖不清楚，而造成盖了两次，是可以使用的。按照通用规定来说，开具的发票需要尽量做到按照规定的栏目、顺序、时间限制等，全部发票联都一次性如实加盖印章。但是当出现加盖不清楚的情况时，重复加盖发票专用章，依然是有效的。
发票专用章是指用发票单位和个人按税务机关规定刻制的印章，印章印模里含有其公司单位名称、发票专用章字样、税务登记号，在领购或开具发票时加盖的印章。
发票是指经济活动中，由出售方向购买方签发的文本，内容包括向购买者提供产品或服务的名称、质量、协议价格。除了预付款以外，发票必须具备的要素是根据议定条件由购买方向出售方付款，必须包含日期和数量，是会计账务的重要凭证。中国会计制度规定有效的购买产品或服务的发票称为税务发票。政府部门收费、征款的凭证各个时期和不同收费征款项目称呼不一样，但多被统称为行政事业收费收款收据。为内部审计及核数，每一张发票都必须有独一无二的流水账号码，防止发票重复或跳号。
《中华人民共和国发票管理办法》
第二十二条 开具发票应当按照规定的时限、顺序、栏目，全部联次一次性如实开具，并加盖发票专用章。
任何单位和个人不得有下列虚开发票行为：
（一）为他人、为自己开具与实际经营业务情况不符的发票；
（二）让他人为自己开具与实际经营业务情况不符的发票；
（三）介绍他人开具与实际经营业务情况不符的发票。
《中华人民共和国发票管理办法实施细则》
第二十八条 单位和个人在开具发票时，必须做到按照号码顺序填开，填写项目齐全，内容真实，字迹清楚，全部联次一次打印，内容完全一致，并在发票联和抵扣联加盖发票专用章。
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