对权属有争议的房屋进行拆迁补偿如下：争议在拆迁主管部门公布规定的拆迁期限内已解决的，应按照各方当事人的房屋产权份额进行拆迁补偿；争议在拆迁主管部门公布规定的拆迁期限内未解决的依法由拆迁人提出拆迁补偿和安置方案，报拆迁主管部门批准后实施拆迁。
【法律依据】
《国有土地上房屋征收与补偿条例》第十二条市、县级人民政府作出房屋征收决定前，应当按照有关规定进行社会稳定风险评估；房屋征收决定涉及被征收人数量较多的，应当经政府常务会议讨论决定。第二十六条房屋征收部门与被征收人在征收补偿方案确定的签约期限内达不成补偿协议，或者被征收房屋所有权人不明确的，由房屋征收部门报请作出房屋征收决定的市、县级人民政府依照本条例的规定，按照征收补偿方案作出补偿决定，并在房屋征收范围内予以公告。
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