法律分析：交通事故住院新农合一般是不会报销的，交通事故是属于第三方费用，不在家庭村合作医疗报销范围内。只有在交通肇事者不支付或者行为人无法确定的情况下，新农合基金才应当按照规定的比例先行支付。新型农村合作医疗基金只能用于补偿参合人员的医疗费用，新农合基金垫付后，有权向第三方索赔。
法律依据：《机动车交通事故责任强制保险条例》 第二十一条 被保险机动车发生道路交通事故造成本车人员、被保险人以外的受害人人身伤亡、财产损失的，由保险公司依法在机动车交通事故责任强制保险责任限额范围内予以赔偿。
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