条例规定对金融机构非银行支付机构的处罚是

处罚为：由国务院金融管理部门或者其分支机构、派出机构按照职责分工责令改正，给予警告，没收违法所得。
防范支付领域金融风险是守住不发生系统性金融风险底线的重要一环。
　　确定支付业务新的分类方式
　　起草说明指出，《条例》遵循公平竞争、实质重于形式、普惠金融的核心监管原则，按照业务实质确定支付业务新的分类方式。即按照资金和信息两个维度，根据是否开立账户（提供预付价值）、是否具备存款类机构特征，将支付业务重新划分为储值账户运营业务和支付交易处理业务两类，以适应技术和业务创新需要，有效防止监管套利和监管空白。
　　具体来看，《条例》明确，储值账户运营是指通过开立支付账户或者提供预付价值，根据收款人或者付款人提交的电子支付指令，转移货币资金的行为。法人机构发行且仅在其内部使用的预付价值除外；支付交易处理是指在不开立支付账户或者不提供预付价值的情况下，根据收款人或者付款人提交的电子支付指令，转移货币资金的行为。
　　与此同时，根据起草说明，《条例》从我国国情出发，坚持金融业务必须持牌经营，对非银行支付机构按照“先证后照”原则，强化公司治理要求，实施全方位、全流程监管。同时，通过正面清单加负面清单方式，明确成为非银行支付机构股东、实际控制人和最终受益人的条件及禁止情形，加强对股东资质、实际控制人和最终受益人的监管。
加大违规行为处罚力度
　　《条例》明确了非银行支付机构的法律责任。明确提出要以做好支付领域风险防范和处置、坚决打击违规活动、整治金融乱象为主旨，明确非银行支付机构退出情形，加大对非银行支付机构违规行为和违规人员的处罚力度；明确对无证经营支付业务的机构参照《防范和处置非法集资条例》相关规定进行处理，加大对持牌机构为无证经营支付业务的机构提供支付业务渠道行为的处罚力度。
　　具体来看，在审慎监管措施方面，《条例》提出，非银行支付机构累计亏损超过其注册资本的50%；自获许可之日起，未实质开展部分或者全部支付业务，或已获许可的部分或者全部支付业务连续停止2年以上；连续2个年度分类评级结果为最低等级；存在对支付服务市场稳定运行具有较大不利影响的情形。有上述情形之一，人民银行可以根据审慎监管原则暂停其部分或者全部支付业务直至吊销其支付业务许可证。
　　对于无证机构的处置，《条例》明确，非银行支付机构为擅自从事或者变相从事支付业务的机构和个人提供支付业务渠道的，由人民银行及其分支机构责令其限期整改，没收违法所得，违法所得50万元以上的，并处违法所得1倍以上5倍以下罚款；没有违法所得或者违法所得不足50万元的，处50万元以上200万元以下罚款；逾期不改正的，可以责令其停业整顿或者限制其业务类型、业务范围直至吊销其支付业务许可证；构成犯罪的，依法追究刑事责任。
法律依据：
《防范和处置非法集资条例》
第三十四条 互联网信息服务提供者未履行对涉嫌非法集资信息的防范和处置义务的，由有关主管部门责令改正，给予警告，没收违法所得；拒不改正或者情节严重的，处10万元以上50万元以下的罚款，并可以根据情节轻重责令暂停相关业务、停业整顿、关闭网站、吊销相关业务许可证或者吊销营业执照，对直接负责的主管人员和其他直接责任人员处1万元以上10万元以下的罚款。
广告经营者、广告发布者未按照规定查验相关证明文件、核对广告内容的，由市场监督管理部门责令改正，并依照《中华人民共和国广告法》的规定予以处罚。
第三十五条 金融机构、非银行支付机构未履行防范非法集资义务的，由国务院金融管理部门或者其分支机构、派出机构按照职责分工责令改正，给予警告，没收违法所得；造成严重后果的，处100万元以上500万元以下的罚款，对直接负责的主管人员和其他直接责任人员给予警告，处10万元以上50万元以下的罚款。