事业单位员工是否适用劳动合同法，要看具体情况，像具有管理公共事务的职能组织，其员工是公务员编制，不适用《劳动合同法》。
而实现企业化管理的事业单位，和劳动者签署的是劳动合同，这类单位的员工同用人单位发生劳动合同争议的时候，是可以依据《劳动合同法》处理的。
一、用人单位的认定范围与方法
一般认为，中国境内的企业、个体经济组织与劳动者之间，只要形成劳动关系，即劳动者事实上巳成为企业、个体经济组织的成员，并为其提供有偿劳动，就应该认定该企业或组织就是适格的用人单位，相应地享有劳动法上的权利，并承担义务和责任。
关于用人单位法律上的界定，应该说我国《劳动法》和原劳动部《关于贯彻执行〈劳动法〉若干问题的意见》中作了比较明确的规定。《意见》第一项适用范围中规定：“国家机关、事业组织、社会S体实行劳动合同制度的以及按规定应实行劳动合同制度的工勤人员；实行企业化管理的事业组织的人员；其他通过劳动合同与国家机关、事业组织、社会团体建立劳动关系的劳动者，适用《劳动法》对《劳动法》上用人单位的认定作了进一步地补充。
《劳动合同法》对用人单位的规定应该说是比较宽泛的，基本上除了国家机关公务员或参照公务员管理的事业单位和组织外，其他企业、社会组织和机构都可以被认定为是用人单位。
《劳动合同法》第二条第一款规定：“中华人民共和国境内的企业、个体经济组织、民办非企业单位等组织（以下称用人单位）与劳动者建立劳动关系，订立、屐行、变更、解除或者终止劳动合同，适用本法。”《劳动合同法》第二条第二款则规定：“国家机关、事业单位、社会团体和与其建立劳动关系的劳动者，订立、履行、变更、解除或者终止劳动合同，依照本法执行。”根据以上规定，对于普通事业单位、社会机构等这些特定组织的判定，在法律上已经不存在模糊理解，应当统一被认定为是用人单位。
《劳动合同法》第九十六条还规定：“事业单位与实行聘用希I的工作人负订立、履行、交更、解除或者终止劳动合同，法律、行政法规或者国务院另有规定的，依眠其规定；未作规定的，依照本法有关规定执行。”这条主要是对于具休适用《劳动合同法》的附则性规定，对T有关法律法规有特别规定的、应当适用有关法律、法规的规定。
二、职工自动离职是否补偿
员工自动离职能否拿到补偿金，要视离职的原因而定。分析如下：
1、根据劳动合同法第三十六条，如果员工与企业协商一致，在约定中包括了补偿金，此时员工离职是可以按双方约定拿到补偿金。
2、员工按劳动合同法第三十六条解除劳动合同的，员工可以依据第四十六条要求企业支付补偿金。
3、除了本回答第1、2条所述情况外，员工自动离职是没有补偿金的。
附件1与本回答相关的劳动合同法条款
第三十六条用人单位与劳动者协商一致，可以解除劳动合同。
第三十八条用人单位有下列情形之一的，劳动者可以解除劳动合同：
（一）未按照劳动合同约定提供劳动保护或者劳动条件的；
（二）未及时足额支付劳动报酬的；
（三）未依法为劳动者缴纳社会保险费的；
（四）用人单位的规章制度违反法律、法规的规定，损害劳动者权益的；
（五）因本法第二十六条第一款规定的情形致使劳动合同无效的；
（六）法律、行政法规规定劳动者可以解除劳动合同的其他情形。
用人单位以暴力、威胁或者非法限制人身自由的手段强迫劳动者劳动的，或者用人单位违章指挥、强令冒险作业危及劳动者人身安全的，劳动者可以立即解除劳动合同，不需事先告知用人单位。
三、事业单位人员辞职注意事项是什么？
事业单位人员辞职争议很多，一般是事业单位员工提出辞职而单位不同意，员工单方离职，单位留置人事档案。我国现实条件下员工没有人事档案，其可选择的工作范围受到很大限制，无法进入国际大企业工作，找不到理想的工作，无法办理社会保险事宜，也无法办理出国的相关手续，员工非常苦恼。此类人事档案与员工分离的现象非常之多以致也成为社会问题。
我国事业单位人员分为与单位签订劳动合同员工和未与单位签订劳动合同员工两部分，其中与单位签订劳动合同的员工与单位的劳动关系适用《劳动法》，其辞职条件、辞职程序和辞职纠纷的解决均适用《劳动法》及调整劳动关系的行政法规。大部分事业单位人员，比如学校的教师、科研院所的研究人员不与单位签订劳动合同，这部分人员与单位的关系就不适用《劳动法》，其辞职适用国家相关人事管理法规。
依据《全民所有制事业单位专业技术人员和管理人员辞职暂行规定》，全民所有制事业单位的专业技术人员和管理人员可以提出辞职，并按人事管理权限，向所在单位或主管部门提出书面申请，所在单位或主管部门应从收到辞职申请起三个月内，予以办理辞职手续，发给辞职证明书，并且按国家关于流动人员人事档案的规定，进行人事档案移交、接转手续，一般事业单位人员的辞职是没有实质性的要件的，只需要履行提前通知的义务即可。
但是以下四类人员辞职必须经过所在单位或主管部门批准，否则是不能辞职的：
1、国家和省、市（地区）重点科研项目的主要负责人和业务骨干，辞职后对工作可能造成损失的；
2、在边远地区、少数民族地区工作的；
3、从事特殊行业、特殊工种的；
4、从事国家机密工作，或曾从事国家机密工作，且在规定的保密期内的。
未与单位签订劳动合同的事业单位人员辞职争议适用《人事争议处理暂行规定》，争议双方应当在争议发生之日起60日内，以书面形式向单位所在地人事争议仲裁委员会申请仲裁。
【本文关联的相关法律依据】
根据《中华人民共和国劳动合同法》第二条，中华人民共和国境内的企业、个体经济组织；
民办非企业单位等组织与劳动者建立劳动关系，订立、履行、变更、解除或者终止劳动合同，适用本法。
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