将已发工资与补发的工资数进行平均，计算出每月的工资，之后将实际发放当月的工资总额作为应税收入额，按照百分之三至百分之四十五的超额累进税率来计税。补扣年金3600元,不能从补发工资中扣除,补发工资的13000元则视当地是否允许分摊到所补发的所属期中,如果允许分摊则将其加到各月工资中进行计算缴纳个人所得税,如果不允许分摊则应将13000元全部计入到所发放的月份中与当月实际取得的工资薪金合并计算缴纳个人所得税。
  对于问题所述情况,原则上应按实际发放月份合并计算个人所得税,但是现在各地也有不同规定,如《大连市地方税务局关于明确调整个人所得税若干政策问题的通知》(大地税个[1997]101号)第一条规定,鉴于有的单位因资金短缺,对所属人员月工资(不包括当月应领取的数月奖金,年终加薪、年终分红等)数月集中支付;有的单位按照上级有关部门的规定标准调资,还有的晋职、晋级,其上调工资部分往往一次或分次补发。对确有上述情况的单位,报经主管地方税务机关审核后,可按照纳税人应取得工资收入的所属期间,计算缴纳个人所得税。
法律依据：
《中华人民共和国个人所得税法》第二条
  下列各项个人所得，应当缴纳个人所得税：
  （一）工资、薪金所得；
  （二）劳务报酬所得；
  （三）稿酬所得；
  （四）特许权使用费所得；
  （五）经营所得；
  （九）偶然所得。
《中华人民共和国个人所得税法》第三条
  个人所得税的税率：
  （一）综合所得，适用百分之三至百分之四十五的超额累进税率；
  （二）经营所得，适用百分之五至百分之三十五的超额累进税率；
  （三）利息、股息、红利所得，财产租赁所得，财产转让所得和偶然所得，适用比例税率，税率为百分之二十。
《中华人民共和国个人所得税法》第六条
  应纳税所得额的计算：
  （一）居民个人的综合所得，以每一纳税年度的收入额减除费用六万元以及专项扣除、专项附加扣除和依法确定的其他扣除后的余额，为应纳税所得额。
因篇幅问题不能全部显示，请点此查看更多更全内容