被告公司一般不可以注销。由于被告公司在进行诉讼时，权利义务关系尚未明确，公司的清算组也不能准确的确定公司的资产和债权债务情况，所以要等诉讼结束后，公司经依法清算，才能申请办理注销登记。
《中华人民共和国公司法》第一百八十八条公司清算结束后，清算组应当制作清算报告，报股东会、股东大会或者人民法院确认，并报送公司登记机关，申请注销公司登记，公告公司终止。《最高人民法院关于适用〈中华人民共和国公司法〉若干问题的规定(二)》第二十三条清算组成员从事清算事务时，违反法律、行政法规或者公司章程给公司或者债权人造成损失，公司或者债权人主张其承担赔偿责任的，人民法院应依法予以支持。公司已经清算完毕注销，上述股东参照公司法第一百五十一条第三款的规定，直接以清算组成员为被告、其他股东为第三人向人民法院提起诉讼的，人民法院应予受理。
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