二者主要是时限的差别，比如贷款期限3年，全程担保期限必须是3年以上，阶段性担保则在3年内的某一时段。比如按揭贷款，在大产权分割完毕，房产证抵押之前一般由开发商担保，这就是阶段性担保，因为之后就是房产抵押了。
法律依据：
《中华人民共和国民法典》 第六百八十一条 保证合同是为保障债权的实现，保证人和债权人约定，当债务人不履行到期债务或者发生当事人约定的情形时，保证人履行债务或者承担责任的合同。
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