法律分析：单位的做法是否违法，关键要看该年终奖中是否包含相应比例的工资。实践中，有些单位的年终奖包含一定比例的工资，此时，停发年终奖无异于拖欠工资。以无经济效益为由停发职工工资，不合法、也不合理。法律虽然赋予了企业工资分配的自主权，但其条件是非常清楚的，工资水平是指企业整体工资中国的程度，而不是有或无。
法律依据：《中华人民共和国劳动法》第四十七条用人单位根据本单位的生产经营特点和经济效益，依法自主确定本单位的工资分配方式和工资水平。
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