南京补缴社保方式如下：
1、社保局缴纳。对于本地人来说，是可以直接到社保局去办理的，可以交城镇职工社保，也可以交城镇居民社保；
2、中介代缴。选择一个合适的社保代理机构代为缴纳，是最直接最省心的补救办法，但缴纳的数额会较高，需要支付的费用不仅有社保必须的费用，还有社保代理机构的服务费；
3、养老和医疗保险的年限都是可以累计的，如果断缴了只要后面补缴够年限就可以。也可以选择在今后的某个时间补缴，建议最好在退休前补交满1年。当然，如果遇到到了退休年龄还是不够最低缴费年限的情况，可以在户籍所在地办理养老保险延期缴费，如果是外地户籍则需要缴够10年才能办理延期缴费。
法律依据：《中华人民共和国社会保险法》 第四条
中华人民共和国境内的用人单位和个人依法缴纳社会保险费，有权查询缴费记录、个人权益记录，要求社会保险经办机构提供社会保险咨询等相关服务。
个人依法享受社会保险待遇，有权监督本单位为其缴费情况。
第十条
职工应当参加基本养老保险，由用人单位和职工共同缴纳基本养老保险费。
无雇工的个体工商户、未在用人单位参加基本养老保险的非全日制从业人员以及其他灵活就业人员可以参加基本养老保险，由个人缴纳基本养老保险费。
公务员和参照公务员法管理的工作人员养老保险的办法由国务院规定。
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