花果山古称羽山、郁洲山、郁郁山、郁林山、东海山、苍梧山、云台山等，一直被人们视为古代传说中的蓬莱、瀛洲、方丈三神山。其人文景观源远流长，文化底蕴十分厚重。中国最早的历史文献汇编《尚书·禹贡》上，就有关于这里人类活动的记载，五千多年前少昊氏族的遗迹也很多。花果山下的大圣湖底，就是新石器时代大汶口文化和龙山文化的大村遗址。隋唐以来的古遗址、古建筑以及历代文人墨客如孔子、李白、石曼卿、李清照、吴承恩、吴敬梓、李汝珍以及林则徐的游踪手迹更是遍布山中。
花果山自古就有“东海第一胜境”、“海内四大灵山”的美誉。明嘉靖年间道教复兴，又被誉为“七十一福地”。万历三十年（1602年）神宗皇帝敕封花果山三元宫为“天下名山寺院”。康熙三十一年（1692年），皇帝为它亲题“遥镇洪流”匾额，以表示对花果山神灵的敬意。昔日的花果山孤悬海上，迷蒙飘渺，海市蜃楼屡屡出现，所以被视为海中的仙山。
到了康熙五十年（1711年）后，海涨沙淤，游人才能“骑马上云台”了。
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