孩子咳嗽反复不愈，最让家长揪心，更让家长担心的是，发展成儿童慢性咳嗽。儿童慢性咳嗽，咳嗽通常是其唯一或主要的症状，病程一般大于4周，胸片检查往往没有明显异常。这类咳嗽看似简单，但病因复杂。因此，治疗儿童慢性咳嗽，找准病因，对症下药，规范治疗，才能达到比较好的治疗效果。喻清和介绍，儿童慢性咳嗽的病因主要有以下几种：
首先是咳嗽变异性哮喘。这是最为常见的病因，这类咳嗽患儿通常不喘，只是咳，而且以干咳为主，有的可能会吐白泡痰，常在夜间和凌晨发作，或只在凌晨发作，通常会在运动后咳嗽加重。这种咳嗽的临床特征一般还有过敏性鼻炎或湿疹。有条件的患者最好进行肺功能等检查，以进一步确诊。
其次是上气道咳嗽综合征。比如，各种鼻炎、鼻窦炎、扁桃体和（或）腺样体肥大等上气道疾病，都可能引起慢性咳嗽。这种咳嗽的特征是早上咳嗽，部分可以咳痰，痰出则其余时间少咳或不咳，伴有鼻塞、流涕、咽干并有异物感和反复清咽等症状。此外，患儿的咽后壁有时可能会出现鹅卵石样的改变，或者会有黏液样或脓性分泌物附着。
第三是胃食管反流。也可能导致儿童慢性咳嗽。这种咳嗽往往是在餐后加重，年幼的孩子通常会在吐后咳嗽停止；年长的孩子往往会说腹痛、嗳气，如果用手触按上腹部时，孩子有压痛。
第四是过敏性咳嗽，这也是常见病因之一。这种咳嗽表现为刺激性干咳，通常是在某种环境下，或进食某种食物，或接触某种气味时咳嗽发作，如果离开这种环境、食物或气味，咳嗽会减轻或不咳。最常见的可能会是屋尘螨、粉尘满、牛奶、蛋清以及家居装修气味等。过敏性咳嗽患儿需要进行过敏源检查。
第五是心因性咳嗽。部分年长的患儿咳嗽缘于这种病因。这种咳嗽通常表现为日间咳嗽，睡后不咳；玩得开心时不咳，上课或做作业时咳，或紧张时咳嗽。心因性咳嗽需要进行心理干预和治疗。
第六是非典型病原体。部分慢性咳嗽患儿与此有关。其中最为常见的就是肺炎支原体或衣原体感染。如果明确，针对治疗，咳嗽通常比较容易治疗。