1、立案
海关发现公民、法人或者其他组织有依法应当由海关给予行政处罚的行为的，应当立案调查，下列情形不予立案：
(1)没有违法事实的;
(2)违法行为超过法律规定的处罚时效的;
(3)其他依法不予立案的情形。
2、调查取证
海关立案后应全面、客观、公正、及时地进行调查、搜集证据，并依法进行，涉及的隐私或秘密应当保守。海关调查取证时海关工作人员不得少于2人，并应当向被调查人出示证件。
3、行政处罚的决定
海关关长应当根据对行政处罚案件审查的不同结果，依法作出以下决定：
(1)确有违法行为，应当给予行政处罚的，根据其情节和危害后果的轻重，作出行政处罚决定;
(2)依法不予行政处罚的，作出不予行政处罚的决定;
(3)符合撤销案件规定的，予以撤销;
(4)符合《海关行政处罚实施条例》规定的收缴条件的，予以收缴;
(5)违法行为涉嫌犯罪的，移送刑事侦查部门依法办理。
4、行政处罚决定的执行
当事人应当在海关作出行政处罚决定后的规定期限内履行。当事人申请延期或者分期缴纳罚款的，应当以书面形式提出，海关收到后，应当在10个工作日内作出决定，并通知申请人，海关同意当事人暂缓或者分期缴纳的，应当及时通知收缴罚款的机构，执行完毕的期限自处罚决定书规定的履行期限届满之日起不得超过180天。
二、海关行政处罚的形式有哪些?
1、警告，包括口头和书面警告;
2、罚款，对其中较大数额的罚款(指对公民处1万元以上罚款、对法人或者其他组织处10万元以上的罚款)，在做出决定之前要告知当事人有要求听证的权利;
3、没收走私货物、物品、运输工具及违法所得;
4、撤销报关企业和海关准予从事海关监管货物的运输、储存、加工、装配、寄售、展示等业务的企业注册登记，取消报关从业资格，暂停从事有关业务或者执业;
5、取缔未经注册登记和未取得报关从业资格从事报关业务的企业和人员的有关活动。