法律分析：在合同纠纷中，一般情况下，双方应当各自承担自己的证明责任，即由谁主张什么事实，谁就应当提供证据予以证明。但如果双方的证据相互相背离，无法判断真伪，法院在事实认定方面则应当参考其他相关证据进行综合判断。如果还存在无法判断的情况，一般情况下应当根据民事责任的“有利方”原则进行处理。
法律依据：
1.《中华人民共和国合同法》第一百二十二条 合同的订立、履行或者变更等法律事实的存在和内容，由主张权利的一方举证。 对提供的证据的真实性、合法性和足够性有疑义的，可以请求对方提供相应的证明。
2.《中华人民共和国民事诉讼法》第六十条 法院对当事人提交的证据认定是否符合法律规定，并对证据的证明力进行全面的评价。
3.《中华人民共和国民法典》第一百二十一条 在民事活动中，当事人对有关证据的解释或者利害关系的应受反驳，互有矛盾的，由法庭根据证据的规则、正常的判断和生活的经验综合分析，认定哪一方的证据更有说服力。
以上法律依据表明，在合同纠纷中，双方证据不一致时，法院应当根据综合判断原则进行事实认定，并参考其他证据进行综合分析。