取采收好的苍耳子原药材，除去杂质。置锅于内，用文火加热，炒至表面深黄色，有香气逸出时，取出放凉，去刺，筛净。这样能够降低苍耳子的毒性，使用起来更安全。
药用法苍耳子有毒，只能作为药材使用，并要严格加工规范，遵循去刺原则。服用苍耳子时，有的生用，有的炒熟或者煮熟的，也有水煮后喝汤的。煎服一般用到3-10克左右，不可多用，否则容易中毒。
煎剂常同其他药物配伍或者单独使用，用时取炮制后的苍耳子捣碎后再用水煎服，这样有利于其有效成分被煎出。每剂使用苍耳子3-10克。本品有毒，必须严格遵循使用剂量及炮制方法
使用偏方治疗脚癣用苍耳子30克，明矾、蛇床子、苦参、黄柏各15克，加清水3000毫升，煎煮沸腾30-40分钟，去除药液，稍温后于睡前浸泡患处。
治疗鼻流浊涕不止用辛夷25克，苍耳子15克，白芷50克，薄荷叶3克，研磨成细末，每次取8克，饭后用茶水调服。
下肢溃疡用苍耳子200克，炒黄后研磨成细末，取生猪油300克，将二者混匀捣烂如糊状，先用石灰水洗净创面，擦干后涂抹猪油苍耳膏，3天换药一次即可。
使用禁忌苍耳子有毒，血虚头痛的病人不宜服用，过量服用容易中毒。