购房协议书丢了可以到相应部门进行补办。只要当时的房子在购买时办理的是合法的手续，那在政府部门的系统中就是可以查得到的，只需要补办丢失的材料即可。并且，购房协议丢了还是可以过户，前提是需要办理原购房合同原件的替代手续。
(一)购房合同丢失的过户流程有以下三个步骤：
1、有关部门有登记备案
按我国现行规定，购买商品房无论是现房还是期房，购房买卖或预售合同均已在相关部门登记备案。一旦原购房合同丢失，房屋产权人可凭房产证与身份证到的合同登记部门(当地房地局档案室)办理查询。
2、可在获得的购房合同复印件上加盖原产权单位公章作为原购房合同原件的替代;
3、办理报税手续
如何无法提供原始购房合同的商品房可以更换报税方式，根据相关规定依据无法提供原始购房合同的税率进行报税，以取得完税凭证后办理权属转移登记手续;最后，公房的原始购房合同丢失，购房人只能回原售房单位进行补办，而对于原售房单位重组改制或更名可以按照北京市建委《关于房改房权属登记有关问题的通知》相应规定办理。
(二)其他注意事项——妥善保管好原始购房合同
由于目前房地产税收政策规定购房不足五年出售需要全额缴纳营业税、个人所得税。而根据国家房改政策购买的公有住房，以购房合同的生效时间、房款收据的开具日期或房屋产权证上注明的时间，按照“孰先”的原则确定购买房屋的时间。所以您一定要保存好原始购房合同，因为原始购房合同为最先生效时间。
1、购房合同是根据《中华人民共和国合同法》、《中华人民共和国城市房地产管理法》及其他有关法律、法规之规定，买受人和房地产开发企业，在平等、自愿、协商一致的基础上就买卖商品房达成的协议。
2、购房合同是购房者与开发商之间设立、变更和终止房屋买卖法律关系的重要依据，它对明确双方权利与义务具有不可替代的作用。
3、因此，不管房产证是否办理，购房合同都是重要的。没有购房合同，今后购房者若与开发商发生纠纷(如房屋质量问题等)，将不利于购房者向开发商主张权利。