1、先还后贷方式：先还后贷就是指借款人先向公积金中心提出商贷转公积金的申请，经过公积金中心的同意后，职工就可以以自筹资金还清商贷，并且办理担保手续后。等到这一系列手续后，相关部门就会发放商贷转公积金。
2、以贷冲贷方式：以贷冲贷就是指指借款人先向公积金中心提出商贷转公积金的申请，经过公积金中心的同意后，借款人可将商贷本息余额大于商转公贷款差额提前还清，并办理担保手续，最后相关部门发放商转公贷款。接下来就是借款人、担保公司、银行共同用商贷转公积金还清商贷，并且办理住房抵押反担保手续。
1、贷前咨询：贷款申请人到公积金管理中心咨询，领取相关表格。
2、贷款申请：贷款申请人向公积金管理中心提出商转公贷款书面申请，并提交相应的申请资料。
3、贷前调查：公积金管理中心根据贷款申请人提供的资料，进行个人信用情况调查、房产查勘、房产评估等贷前调查工作。
4、审核、审批：公积金管理中心对贷款申请人提供的申请资料及调查情况进行审核，并做出同意贷款或不同意贷款的决定。
5、结清原商贷、注销原抵押：公积金管理中心审批同意贷款后，通知贷款申请人在15个工作日内结清原商贷并注销原抵押。
6、签订合同：贷款申请人持原商贷结清证明和原商贷所购住房《房屋所有权证》或《商品房预告登记证》的原件、复印件及公积金管理中心要求的其他资料，到公积心管理中心签订《住房抵押借款合同》。
7、办理抵押登记、公证及发放贷款。