1、叶片区别,草芍药的茎下部叶为二回三出复叶，长约14-28厘米。顶生小叶为倒卵形或者宽椭圆形，顶端为短尖，基部为楔形，表面为深绿色，背面为淡绿色，茎上部叶为三出复叶或者单叶。而芍药的小叶片为椭圆形、披针形或者狭卵形，叶面颜色多样，有黄绿色，深绿或者深绿色，叶背为粉绿色。
2、花的区别,草芍药为单花生于顶端，萼片为宽卵形，6枚花瓣，颜色为白色，紫红色和红色，呈倒卵形，花丝为淡红色。而芍药的原种花颜色为白色，花瓣有5-13枚，花丝为黄色，如今园艺品种较多，花色多样，花瓣能达上百枚。