“司令”是一种职务，即：负责指挥所属军队的长官。“将军”是一种军衔，在我军中，它包括：大将、上将、中将、少将四等。根据我军的相关规定，一般只有师或师级以上军队编制的军事主官才能被称为“司令”。
但师级（例如：（地级）军分区司令）的军衔只是大校，还不能称之为“将军”。只有省军区司令（正军级，少将军衔）或以上才能称为“将军”。
将军一般是高级军事将领的统称，不同朝代、国家其具体指代不同：中国古代常作为高级武官、军政官员的职位甚至是爵号；日本幕府时期，将军是日本的最高权力者；近现代，多用于称呼军队中的将级军官。
单说我国的吧。“元帅”是我国的最高军衔。我国于1955年第一次实行军衔制度，军官衔分为尉、校、将、帅，元帅是高于大将低于大元帅的军衔。但是由大元帅衔没有实际授予（本来是准备授予毛某的，他不要），所以元帅是最高军衔。被授予元帅衔的解放军高级将领有10位
1965年取消军衔制度，包括元帅在内的所有军衔不复存在；87年恢复军衔制度，取消了元帅、大将、大尉、准尉等军衔。所以现在没有元帅。
“将军”是对所有将官军衔的统称。我国的将官包括少将、中将、上将（55年设大将，65年取消；87年设一级上将，94年取消，以及上将没有实际授予过任何人），被授予这些军衔的军官统称为“将军”。
“司令员”是对正师级和正师级以上单位的军事主官的统称（政治主官叫“政委”）。
我军正师级以上单位的军事主官都被称为“司令员”，比如军分区司令员（正师职，大校衔）、省军区司令员（正军职，少将衔）、集团军司令员（就是“军长”，正军职，少将衔）、军区司令员（正大区职，上将或中将）、武警司令员（正大区职，上将或中将）、海军司令员、空军司令员、二炮司令员（均是正大区职、担任军委委员，上将）所以“司令员”并不是一个具体的职务。