巡抚相当于现今的省长或省委书记。巡抚一职，在明清两代均有设置，但明清两朝的巡抚职能却有较大的区别。有清一朝，巡抚是手握一省军政大权的“一把手”，虽没有“封疆”，但绝对是地方上的大吏。但在明朝时期，巡抚却不是地方官，而是在京城办公的京官。明清两朝巡抚的差别，源于两朝所面临的现实环境不同。
明朝初期，洪武皇帝汲取了元代的前车之鉴，废除了前朝在各地实行的行省制。早年朱元璋刚刚打下江山，不得不沿用元朝时期的行省制。在这种制度的影响下，地方官拥有极大的权力。若中央强势，这种地方权力极大的情况倒不足为虑，一旦中央式微，难保会出现如藩镇之乱一般的情况。
元朝就是个例子，元末起义爆发之后，有多行省的一把手不肯听从元廷的调令，直接导致了元廷中央与地方的脱节。朱元璋解决这个问题的方式简单直接，就是直接废除行省制，防止地方出现某一把手“一家独大”的情况，将每个省划分为由布政使司、按察使司、指挥使司三司共同治理的行政区。三司衙门的职权互不冲突，分管军事、司法及民政。
指挥使有军事大权，按察使有司法大权，布政使有行政大权，但他们均无法一手遮天，对中央集权构成威胁。倘若地方遇到什么要紧事，则由三司集合召开会议共同裁定。由于，三司的长官分管军政司法，所以在议事时相互制衡，谁都无法绕过其他两司自作主张。不过，这种规划虽然达到了集权的效果，削弱了地方的权势，但弊端也是显而易见的。
因为三司不相统属，每遇到一些无法界定的事务时，三司衙门都会像踢皮球一样踢来踢去，相互推卸责任。真到了办事时，谁都不肯出工出力。此外，由于一些事务需要两个甚至三个机构协同处理，在转移文书的过程中难免要耗费大量时间，所以办事效率也十分低下，以至于不少地方事务被搁置下来，长期无法解决。
基于这种矛盾的背景下，巡抚一职应运而生。
巡抚的职能，就是为了协同地方的三司。
明史中最早出现巡抚一词，是太子朱标巡抚西安。当时朱标来到西安，目的就是协同当地的三司。只不过，当时的“巡抚”是动词，并非名词，更不是在册的官职。
朱棣篡位后，每逢地方遇到处理不了的紧急事务，永乐帝便会派出六部的高官，来到地方出差，进行巡抚，协同三司处理事务。这一时期的巡抚，已经具备了名词的性质，但只是一种临时职务，与钦差差不多。等到三司处理好当地事务，巡抚回京述职，这个临时职务便被撤销了。
明朝前期社会安定，地方的紧急情况不多，所以遇事明廷临时抱佛脚，派巡抚去地方协同三司的情况并不多见。到了宣德年间，社会变得动荡，地方上的矛盾较为突出。例如：在南方地区，爆发了百年不遇的天灾，地方政府无法征收足额的赋税，直接影响了国库的收入。南方的流民跑到北方，这些无籍人士给当地的社会治安造成了巨大的影响。
显然，这些问题都是“多元化”的，仅凭三司中的某个部门是无法独立完成的。由于三司的体制限制，这些部门又不能协同解决问题，所以各地均出现了烂摊子。为了解决这种现象，宣德皇帝不得不一而再再而三地派出巡抚，来到地方解决问题。这一时期的巡抚，办公的时间相对较长。他们起码要在地方待上数月甚至一年，才能将烂摊子解决完毕。
巡抚代表的是中央，所以他的权力比地方三司更大，地方官吏无不听其调令。再加上，巡抚的家室老小都在京城，与当地的豪强没有任何瓜葛，处理事情时无需考虑任何其他因素，没有顾虑。巡抚来到地方，逐渐成为一种惯例。不过到了后来，地方的弊病越来越严重，巡抚来到地方可能要待上几年甚至十几年的时间。这时朝廷便允许巡抚带上自己的一家老小，来到地方常驻。
这些巡抚的官职比地方长官更高，所以朝廷给他们匹配了相应的待遇，如拨款为他们修建府衙等。从这以后，巡抚逐渐成了一种地方常驻的官员，甚至成了地方的一把手。
明朝早期的巡抚来到地方，往往被赋予了不同的任务。不过等到巡抚成为常驻的地方官以后，该如何将巡抚的职权正规化，让他能融入到地方的行政机构中，就成了统治者要考虑的重要问题。
显而易见的是，巡抚已逐渐成为凌驾于三司之上的地方长官。他的手中拥有令三司忌惮的权力——监察权。每隔三年朝廷都会对官员进行考评，巡抚所负责的正是配合都察院，对地方三司官员进行评定。此外，巡抚还有节制将帅的职权，可监督军队中的指挥官。
在史料中我们还能看到一些特殊情况，例如海瑞在担任应天巡抚的时候，曾修订了《督抚应天条款》。该条款规定，巡抚拥有对三司的监察权，且拥有地方的司法权、案件的审理权、问政权、决策权等。海瑞的巡抚可谓面面俱到，地方上的大小事务他都会亲自参与。
对于统治者而言，巡抚就是他们用来控制地方的工具，亦是维护集权统治的武器。巡抚的首要任务，就是帮助统治者维护地方的稳定，协同地方三司，保证地方政府的正常运转。到了明朝后期的时候，国力衰微，乱世将至，巡抚的职务变得更加重要。
所以，明廷规范了巡抚的职权、任职章程等。
例如，巡抚不得前往家乡任职，必须要遵循回避的原则。即便跨省，也必须在距离家乡五百里外的地方任职。在具体工作中，巡抚既是三司的上司，又是朝廷安插在地方的监察人员。对于统治者来说，地方三司与中央之间有一层隔阂，很难建立信任关系。巡抚是“根正苗红”的京官，亦是朝廷的亲信，由他来建立与地方三司的纽带再合适不过。
当然，监察只是巡抚职权的一部分，巡抚最大的行政作用还是帮助地方三司完成协同，防止三司之间相互踢皮球，耽误正事。此外，虽然巡抚是文官，但皇帝却赋予了他节制地方的军事权。这样的待遇，让指挥使无法在巡抚面前飞扬跋扈，只能乖乖地听命于朝廷派来的顶头上司。
朱元璋是靠着枪杆子起家的皇帝，所以洪武年间武将的地位相当高，几乎每个武将都手握重兵。虽说朱元璋以蓝玉案、胡惟庸案对功臣进行了大肆屠杀，开始重文轻武，但朱棣发动靖难之役后武将的地位再次提高。有洪武、永乐两朝的先例，很多地方上的武将难免会自命高人一等。
倘若巡抚的手中没有军事权，很难让地方指挥使听从命令。所以，必须要赋予巡抚节制地方的权力，让地方武将有所忌惮。
然而，巡抚制度并不完美，这种制度亦存在弊病。巡抚管理的地方，往往只有一个省份甚至更小的地域。倘若遇到大范围民变，一个地区的巡抚往往捉襟见肘。以他们的职权，又无法及时协同其他省或地区的巡抚，所以很难解决。
到了明朝后期，又在巡抚的基础上设立了总督，协同多地区或省份的军政。总督与巡抚差不多，同样是皇帝的亲信，同样是由中枢直接派出。总督的职权与巡抚相仿，只不过，巡抚协同的是地方三司，总督协同的则是多地巡抚。
换而言之，源于明朝的总督制度、巡抚制度，是随着社会演变而不断发展的。即便是到了清初，总督和巡抚仍属于京官。到了康熙、雍正时期，总督、巡抚这才成为地方常驻官员，脱离了京官的行列。清朝的统治者比明朝皇帝更擅长集权，所以中央对地方的管制更加有力。饶是如此，清廷仍经过了近百年的调整，这才完善了总督和巡抚制度。
总而言之，终明一朝，巡抚制度存在较多弊端，所以中央无法将巡抚由京官转变为地方官。就算有这个可能，其间也会有诸多限制。此外，明朝的巡抚职权、辖区、任期等都不明确，巡抚制度只是有一个模糊的方向，缺少更加详备的章程。制度上的不明确，也直接决定了巡抚无法成为地方官。一旦强行为之，涉及到的职称、薪俸以及整个官僚体制的变动都是大问题。
况且，在太祖朱元璋定下三司制度的前提下，推陈出新实行巡抚制度，本身就是难于登天的。历来皇帝想要违背祖制，都要经历一番改革和斗争。